वृक्ष शब्दावली और मूल निर्धारण (Rooting)

एक फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष को पढ़ने के लिए उसके भागों, नोड्स, शाखाओं, सिरों और क्लेड्स में निपुणता की आवश्यकता होती है, और यह समझने की आवश्यकता होती है कि मूल निर्धारण (rooting) वृक्ष को समय की दिशा कैसे देता है।

Definition

एक फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष एक शाखाबद्ध आरेख है जो अनुमानित विकासात्मक संबंधों का प्रतिनिधित्व करता है; मूल निर्धारण (rooting) वृक्ष के आधार का स्थान है जो पूर्वजों से वंशजों तक वंश की दिशा स्थापित करता है।

Scope

यह विषय फ़ाइलोजेनेटिक वृक्षों की संरचना (टर्मिनल और आंतरिक नोड्स, शाखाएँ, मूल, इनग्रुप और सिस्टर समूह), मूल निर्धारित (rooted) और अमूल निर्धारित (unrooted) वृक्षों के बीच का अंतर, मूल निर्धारण की विधियाँ जैसे आउटग्रुप और मध्यबिंदु मूल निर्धारण, और टोपोलॉजी बनाम शाखा लंबाई की व्याख्या को शामिल करता है।

Core questions

• एक फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष के संरचनात्मक घटक क्या हैं?
• एक मूल निर्धारित वृक्ष एक अमूल निर्धारित वृक्ष से कैसे भिन्न होता है?
• एक वृक्ष को मूल निर्धारित करने के लिए किन विधियों का उपयोग किया जाता है, और वे क्या मानते हैं?
• टोपोलॉजी द्वारा बनाम शाखा लंबाई द्वारा कौन सी जानकारी वहन की जाती है?

Key theories

मूल निर्धारण ध्रुवीयता स्थापित करता है

अधिकांश वृक्ष-निर्माण विधियाँ अमूल निर्धारित नेटवर्क उत्पन्न करती हैं; एक मूल को स्थापित करना, आमतौर पर एक आउटग्रुप के माध्यम से, वृक्ष को समय में उन्मुख करता है और युग्मित संबंधों को पूर्वज-वंशज कथनों में परिवर्तित करता है।

टोपोलॉजी बनाम शाखा लंबाई

शाखाकरण क्रम (टोपोलॉजी) संबंधों को एन्कोड करता है, जबकि शाखा की लंबाई विधि के आधार पर परिवर्तन की मात्रा या बीता हुआ समय एन्कोड कर सकती है, और वृक्ष को पढ़ते समय इन दोनों को भ्रमित नहीं किया जाना चाहिए।

Clinical relevance

रोगजनक संचरण वृक्षों की व्याख्या करते समय, प्रकोपों की तिथि निर्धारित करते समय, और चिकित्सा या कृषि संबंधी चिंता वाले जीवों के निकटतम संबंधियों की पहचान करते समय वृक्षों का सही पठन और मूल निर्धारण आवश्यक है।

History

जैसे-जैसे कम्प्यूटेशनल फ़ाइलोजेनेटिक्स परिपक्व हुआ, वृक्ष के भागों के लिए एक सटीक और साझा शब्दावली और मूल निर्धारण का स्पष्ट उपचार आवश्यक हो गया; क्लेडिस्टिक ढांचे के भीतर औपचारिक रूप से आउटग्रुप मूल निर्धारण, वृक्षों को उन्मुख करने के लिए मानक दृष्टिकोण बना हुआ है।

Debates

मूल निर्धारण विधि का चुनाव

आउटग्रुप मूल निर्धारण एक उपयुक्त, बहुत दूर नहीं वाले आउटग्रुप के चयन पर निर्भर करता है, जबकि मध्यबिंदु और आणविक-घड़ी मूल निर्धारण दर स्थिरता के बारे में धारणाएँ बनाते हैं; सबसे अच्छा विकल्प डेटा पर निर्भर करता है और कभी-कभी विवादित होता है।

Key figures

• Willi Hennig
• Joseph Felsenstein

Seminal works

• hennig1966
• wiley2011
• felsenstein2004

Frequently asked questions

कई फ़ाइलोजेनेटिक विधियाँ अमूल निर्धारित वृक्ष क्यों उत्पन्न करती हैं?

मानक दूरी और संभावना विधियाँ संबंधों का सममित रूप से अनुमान लगाती हैं और स्वयं यह नहीं बता सकती हैं कि कौन सी वंशावली सबसे पुरानी है, इसलिए वृक्ष को मूल निर्धारित करने के लिए एक बाहरी मानदंड जैसे कि एक आउटग्रुप की आवश्यकता होती है।

क्या लंबी शाखाओं का मतलब हमेशा अधिक समय होता है?

आवश्यक नहीं; शाखा की लंबाई बीते हुए समय के बजाय वर्ण परिवर्तन की मात्रा का प्रतिनिधित्व कर सकती है जब तक कि वृक्ष एक घड़ी या समय-कैलिब्रेटेड मॉडल के तहत उत्पन्न न हो।