Process / pipelineTranscriptomics
הרכבת טרנסקריפטום דה נובו
הרכבת טרנסקריפטום דה נובו משחזרת רצפי RNA שליח באורך מלא ישירות מקריאות ריצוף, ללא צורך בגנום ייחוס. שיטה זו, שפותחה על ידי רגב, האס ועמיתיהם, מאפשרת גילוי טרנסקריפטים באורגניזמים שאינם מודל וזיהוי איזופורמים חדשים, גנים מאוחים ווריאנטים של שחבור.
קראו את השיטה במלואה
לחברים בלבד
התחברותהתחברו עם חשבון חינמי כדי לקרוא חלק זה.
מפת שיטות
סביבת השיטות הקרובות — בחרו צומת כדי לחקור.
מקורות
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
איך לצטט עמוד זה
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/he/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
איזו שיטה?
הציבו שיטה זו לצד קרובותיה הקרובות וקראו אותן זו לצד זו — הספרייה מניחה את הספרים על השולחן; הבחירה בידיכם.
- ניתוח מסכי CRISPRביואינפורמטיקה↔ השוואה
- חיפוש פרופילים ב-HMMERביואינפורמטיקה↔ השוואה
- בינינג מטא-גנומיביואינפורמטיקה↔ השוואה