De Novo Transcriptome Assembly
De novo transcriptome assembly reconstructs full-length messenger RNA sequences directly from sequencing reads without requiring a reference genome. Pioneered by Regev, Haas, and colleagues, this pipeline enables transcript discovery in non-model organisms and detection of novel isoforms, fusion genes, and splice variants.
Dossier source
Citations copiées telles quelles du dossier source de la méthode. Aucune vérification au niveau de la revendication n'en est déduite.
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. · DOI 10.1038/nbt.1883
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. · DOI 10.1038/nprot.2013.084
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. · URL
Revendications organisées
Revendications enregistrées dans le registre de preuves, chacune avec sa propre évaluation.
Cette vue n'invente pas d'évaluation de revendication lorsque le registre n'en contient aucune.
Méthodes apparentées
Généré à partir du graphe de méthodes et présenté comme des relations suggérées par la machine — aucune revendication de preuve n'est déduite.