Alignement de séquences unicellulaires — Cartographie des lectures scRNA-seq

L'alignement de séquences unicellulaires est l'étape computationnelle qui remappe des millions de lectures de séquençage courtes produites par des expériences de scRNA-seq sur un génome ou transcriptome de référence. Contrairement à l'alignement de bulk RNA-seq, chaque lecture porte un code-barres cellulaire et un identifiant moléculaire unique (UMI) qui identifient conjointement la cellule d'origine et la molécule d'ARN individuelle. Un alignement et un démultiplexage de codes-barres précis sont des prérequis pour construire la matrice de comptage cellule-par-gène qui pilote toutes les analyses unicellulaires en aval.