Aegridade geenikomplekti rikastamise analüüs — dünaamiline rajade rikastamine ajapunktide lõikes
Aegridade geenikomplekti rikastamise analüüs (TS-GSEA) laiendab klassikalist GSEA raamistikku, et tuvastada bioloogiliselt koordineeritud geenikomplekte — rajad, geenontoloogia terminid või kureeritud signatuurid —, mille kollektiivne ekspressioon muutub ajas tähenduslikult. Kahe hetktõmmise võrdlemise asemel modelleerib see geeniekspressiooni täielikku ajalist trajektoori, et tuvastada, millised funktsionaalsed programmid aktiveeritakse, surutakse maha või modelleeritakse dünaamiliselt ümber bioloogilise protsessi, nagu areng, ravivastus või haiguse progresseerumine, käigus.
Loe meetodi täielikku kirjeldust
Selle osa lugemiseks logi sisse tasuta kontoga.
Meetodikaart
Seotud meetodite ümbruskond — vali sõlm, et seda uurida.
Allikad
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
Kuidas sellele lehele viidata
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/et/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
Milline meetod?
Aseta see meetod oma lähimate sugulaste kõrvale ja loe neid kõrvuti — raamatukogu laob raamatud lauale; valik on sinu.
- Genikogude rikastumise analüüs (GSEA)Bioinformaatika↔ võrdle
- Multi-omics Gene Set Enrichment AnalysisBioinformaatika↔ võrdle
- Teede rikastumise analüüsBioinformaatika↔ võrdle
- RNA-seq diferentsiaalne ekspressioonBioinformaatika↔ võrdle
- Üherakulise RNA sekveneerimise analüüsBioinformaatika↔ võrdle
- Aegridade RNA-seq diferentsiaalne ekspressioonBioinformaatika↔ võrdle
Similar methods
Märkasid sellel lehel viga? Teata sellest või paku parandust →