Single-cell Sequence Alignment — scRNA-seq Read Mapping

Zarovnání sekvencí z jednotlivých buněk (single-cell sequence alignment) je výpočetní krok, který mapuje miliony krátkých sekvenačních čtení (reads) produkovaných experimenty s RNA sekvenováním jednotlivých buněk (single-cell RNA-seq) zpět na referenční genom nebo transkriptom. Na rozdíl od zarovnání z hromadného RNA-seq (bulk RNA-seq), každé čtení nese buněčný barový kód (cell barcode) a unikátní molekulární identifikátor (Unique Molecular Identifier – UMI), které společně identifikují původní buňku a jednotlivou molekulu RNA. Přesné zarovnání a demultiplexování barových kódů jsou předpoklady pro konstrukci matice počtů buněk ku genům (cell-by-gene count matrix), která řídí veškeré následné analýzy jednotlivých buněk.