DNA Barkodlama
DNA barkodlama, organizmaları bilinen türlere ait dizi referans kütüphanesine karşı kısa, standartlaştırılmış bir gen bölgesini karşılaştırarak tanımlamaktadır.
Tanım
DNA barkodlama, bilinmeyen bir örneği, dizisini düzenlenmiş bir referans veri tabanındaki dizilerle eşleştirerek bir türe atamak için bir veya birkaç kısa standartlaştırılmış genetik işaretleyicinin kullanılmasıdır.
Kapsam
Bu konu, DNA barkodlamanın mantığını ve uygulamasını, hayvanlar, bitkiler ve mantarlar için kullanılan standart işaretleyici bölgeleri, referans kütüphanelerinin oluşturulmasını ve kullanımını, barkod boşluğu (barcode gap) kavramını ve barkodlamanın tanımlama ile henüz tanımlanmamış çeşitliliği belirlemedeki güçlü yönlerini ve sınırlılıklarını kapsamaktadır.
Temel sorular
- Farklı gruplar için standart barkod olarak hangi gen bölgeleri hizmet etmektedir?
- Referans kütüphaneleri nasıl oluşturulmakta ve doğrulanmaktadır?
- Barkod boşluğu (barcode gap) nedir ve neden önemlidir?
- Barkodlama nerede başarılı olmakta ve nerede başarısız olmaktadır?
Temel kuramlar
- Standartlaştırılmış işaretleyici tanımlaması
- Hayvanlardaki mitokondriyal COI geni gibi kısa, standartlaştırılmış bir bölge, genellikle tür içi varyasyondan daha fazla türler arası varyasyon göstermekte ve bu da dizi eşleştirmesi yoluyla güvenilir tür atamasına olanak tanımaktadır.
- Barkod boşluğu (Barcode gap)
- Tanımlama, tür içi ve türler arası genetik mesafeleri ayıran bir boşluk olduğunda en iyi şekilde çalışmaktadır; eksik soy ayrışması veya hibridizasyondan kaynaklanan örtüşen mesafeler, net atamayı zayıflatmaktadır.
Klinik önem
Barkodlama, hastalık vektörlerinin, düzenlenmiş zararlıların tanımlanmasını, gıda ve tıbbi ürünlerin doğrulanmasını ve ikame edilmiş veya yanlış etiketlenmiş biyolojik materyallerin tespitini desteklemekte olup, doğrudan halk sağlığı ve ticari uygulamalara sahiptir.
Tarihçe
Hebert ve arkadaşları tarafından 2003 yılında önerilen DNA barkodlama, koordineli referans kütüphanesi projeleri aracılığıyla hızla yayılmış ve karışık çevresel örneklerin metabarkodlaması da dahil olmak üzere modern biyoçeşitlilik araştırma çalışmalarının çoğunun temelini oluşturmaktadır.
Tartışmalar
- Tanımlama olarak barkodlama ile tür keşfi
- Barkodlama, örnekleri bilinen türlere atamak için sağlam bir yöntem olmakla birlikte, gen ve tür geçmişlerinin ayrıştığı durumlarda tek bir işaretleyicinin yanıltıcı olabileceği için yeni türleri sınırlamak için bir temel olarak tartışılmaktadır.
Öne çıkan isimler
- Paul Hebert
İlgili konular
Temel eserler
- hebert2003
- yang2012
Sıkça sorulan sorular
- Standart hayvan barkodu olarak hangi gen kullanılmaktadır?
- Mitokondriyal sitokrom c oksidaz alt birimi I (COI) geninin bir bölgesi hayvanlar için standart barkoddur; bitkiler ve mantarlar farklı işaretleyiciler kullanmaktadır çünkü COI onlarda çok az varyasyon göstermektedir.
- DNA barkodlama tek başına yeni türleri tanımlayabilir mi?
- Henüz tanımlanmamış aday çeşitliliği belirleyebilir, ancak bir türü resmi olarak tanımlamak, tek bir barkodun ötesinde bütünleştirici kanıtlar gerektirmektedir, çünkü tek bir gen tür sınırlarını yansıtmayabilir.