การจัดลำดับข้อมูลลำดับพันธุกรรมเซลล์เดี่ยว — การจับคู่การอ่านข้อมูล scRNA-seq
การจัดลำดับข้อมูลลำดับพันธุกรรมเซลล์เดี่ยว (Single-cell sequence alignment) คือขั้นตอนการคำนวณที่จับคู่การอ่านข้อมูลลำดับพันธุกรรมสั้นๆ จำนวนหลายล้านรายการที่ได้จากการทดลอง single-cell RNA-seq กลับไปยังจีโนมหรือทรานสคริปโตมอ้างอิง ซึ่งแตกต่างจากการจัดลำดับข้อมูลแบบกลุ่ม (bulk RNA-seq alignment) การอ่านข้อมูลแต่ละรายการจะมีการระบุรหัสเซลล์ (cell barcode) และตัวระบุโมเลกุลที่ไม่ซ้ำกัน (Unique Molecular Identifier - UMI) ซึ่งเมื่อรวมกันแล้วจะสามารถระบุเซลล์ต้นกำเนิดและโมเลกุล RNA แต่ละโมเลกุลได้ การจัดลำดับข้อมูลที่แม่นยำและการแยกบาร์โค้ด (demultiplexing) เป็นข้อกำหนดเบื้องต้นสำหรับการสร้างเมทริกซ์จำนวนนับเซลล์ต่อยีน (cell-by-gene count matrix) ซึ่งเป็นพื้นฐานสำหรับการวิเคราะห์เซลล์เดี่ยวในขั้นตอนต่อไป
อ่านวิธีฉบับเต็ม
เข้าสู่ระบบด้วยบัญชีฟรีเพื่ออ่านส่วนนี้
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
แหล่งอ้างอิง
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
วิธีอ้างอิงหน้านี้
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/th/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- การแสดงออกแตกต่างกันของ RNA-seqชีวสารสนเทศศาสตร์↔ compare