Single-cell RNA-seq Sequence Alignment

Fikiria jaribio la seli moja kama kutupa maelfu ya vyombo vidogo vilivyo na lebo—kimoja kwa kila seli—kwenye kipimajoto. Kila chombo kimetiwa alama kwa msimbo pau wa kipekee, na kila molekuli ya RNA ndani imetiwa alama kwa UMI. Upimaji hupasua vitu vyote kuwa vipande vifupi na kuvichanganya pamoja. Upatanishwaji ni mchakato wa kupanga vipande hivyo kurudi kwenye nafasi sahihi kwenye genoma, kusoma misimbo pau ili kuweka kila kipande kwenye kidude cha seli sahihi, na kutumia UMIs kufuta nakala ili kila molekuli asili ihesabiwe mara moja. Matokeo yake ni jedwali la hesabu: safu mlalo ni seli, nguzo ni jeni, na kila nambari inakuambia ni molekuli ngapi za RNA za jeni hiyo zilipatikana katika seli hiyo.