Metodbevispost
Metagenomic Binning
Metagenomic binning partitions assembled contigs from complex microbial communities into distinct genome bins, each representing an individual organism or strain. Pioneered by Banfield and colleagues, this pipeline isolates single-organism genomes (metagenome-assembled genomes or MAGs) from environmental samples without requiring cultivated isolates.
Källpost
Citat kopierade ordagrant från metodens källpost. Ingen verifiering på källnivå härleds från dem.
Metagenome Assembly and Genome Binning
Taxonomisk metodpost · process-pipeline / bioinformatics
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. · DOI 10.7717/peerj.1165
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. · DOI 10.1038/s41467-018-07641-9
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. · DOI 10.1038/s41564-018-0171-1
Kuraterade påståenden
Påståenden lagrade i bevisloggen, var och en med sin egen bedömning.
Inga kuraterade påståenden ännu
Denna vy hittar inte på en påståendebedömning när loggen saknar en.
Relaterade metoder
Genererade från metodgrafen och visade som maskinföreslagna relationer – inga bevispåståenden härleds.