Single-cell sequence alignment
Single-cell sequence alignment is the computational step that maps millions of short sequencing reads produced by single-cell RNA-seq experiments back to a reference genome or transcriptome. Unlike bulk RNA-seq alignment, each read carries a cell barcode and a Unique Molecular Identifier (UMI) that together identify the originating cell and the individual RNA molecule. Accurate alignment and barcode demultiplexing are prerequisites for constructing the cell-by-gene count matrix that drives all downstream single-cell analyses.
Исходная запись
Цитирование скопировано дословно из исходной записи метода. На его основании не делается никаких выводов о проверке на уровне утверждения.
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. · DOI 10.1093/bioinformatics/bts635
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. · DOI 10.1101/gr.209601.116
Курируемые утверждения
Утверждения сохранены в реестре доказательств, каждое со своей оценкой.
Этот вид не создает оценку утверждения, если в реестре ее нет.
Связанные методы
Сгенерировано из графа методов и показано как предложенные машиной связи — никаких выводов об утверждениях доказательств не делается.