Metodebevisregister
De Novo Transcriptome Assembly
De novo transcriptome assembly reconstructs full-length messenger RNA sequences directly from sequencing reads without requiring a reference genome. Pioneered by Regev, Haas, and colleagues, this pipeline enables transcript discovery in non-model organisms and detection of novel isoforms, fusion genes, and splice variants.
Kilderegister
Siteringer kopiert ordrett fra metodens kilderegister. Ingen påstandsnivåverifisering er underforstått fra dem.
De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly
Taksonomisk metoderegister · process-pipeline / bioinformatics
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. · DOI 10.1038/nbt.1883
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. · DOI 10.1038/nprot.2013.084
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. · URL
Kuraterte påstander
Påstander lagret i bevishovedboken, hver med sin egen vurdering.
Ingen kuraterte påstander ennå
Denne visningen finner ikke opp en påstandsvurdering når hovedboken ikke har noen.
Relaterte metoder
Generert fra metodegrafen og vist som maskinforslåtte relasjoner – ingen bevispåstand er underforstått.