Single-cell sequentie-alignering — scRNA-seq Read Mapping
Single-cell sequentie-alignering is de computationele stap die miljoenen korte sequentielezingen, geproduceerd door single-cell RNA-seq experimenten, terugkoppelt naar een referentie-genoom of -transcriptoom. In tegenstelling tot bulk RNA-seq alignering, draagt elke lezing een celbarcode en een Unieke Moleculaire Identifier (UMI) die samen de oorspronkelijke cel en het individuele RNA-molecuul identificeren. Nauwkeurige alignering en barcode-demultiplexing zijn voorwaarden voor het construeren van de cel-per-gen-tellingenmatrix die alle stroomafwaartse single-cell analyses aanstuurt.
Lees de volledige methode
Log in met een gratis account om dit onderdeel te lezen.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Bronnen
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Deze pagina citeren
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/nl/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- RNA-seq Differentiele ExpressieBio-informatica↔ compare
Geciteerd door
Een fout op deze pagina gezien? Meld het of stel een correctie voor →