Vienas šūnas secības salīdzināšana — scRNA-seq nolasījumu kartēšana
Vienas šūnas secības salīdzināšana ir aprēķinu solis, kas miljoniem īso sekvenču nolasījumu, kas radušies vienas šūnas RNA-seq eksperimentos, atpakaļ pievieno atsauces genomam vai transkriptomam. Atšķirībā no kopējās (bulk) RNA-seq salīdzināšanas, katrs nolasījums satur šūnas svītru kodu (barcode) un unikālu molekulāro identifikatoru (UMI), kas kopā identificē izcelsmes šūnu un atsevišķu RNS molekulu. Precīza salīdzināšana un svītru kodu demultipleksēšana ir priekšnoteikumi šūnu-gēnu skaitīšanas matricas izveidei, kas virza visas turpmākās vienas šūnas analīzes.
Lasīt pilno metodes aprakstu
Piesakieties ar bezmaksas kontu, lai lasītu šo sadaļu.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Avoti
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Kā citēt šo lapu
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/lv/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- RNA-seq diferenciālās ekspresijasBioinformātika↔ compare
Uz to atsaucas
Pamanījāt kļūdu šajā lapā? Ziņojiet vai ierosiniet labojumu →