Process / pipelinePolymorphism testing
HKAテスト
Hudson-Kreitman-Aguade (HKA) テストは、複数の遺伝子座における集団内多型と集団間分化のレベルを比較することで、中立進化を検定する統計的手法である。1987年にHudson、Kreitman、Aguadeによって開発されたこのテストは、中立的な遺伝子座が多型と分化の間に期待される関係を示すべきであるという原理を用いる。これらの関係から逸脱する遺伝子座は、選択を受けている候補となる。HKAテストは、外部キャリブレーションを必要とせず、遺伝子座間の相対的な比較を用いるため、ゲノムワイドな調査で選択を検出するのに特に有用である。
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出典
- Hudson, R. R., Kreitman, M., & Aguadé, M. (1987). A test of neutral molecular evolution based on nucleotide data. Genetics, 116(1), 153–159. DOI: 10.1093/genetics/116.1.153 ↗
- Wakeley, J., Nielsen, R., Liu-Cordova, S. N., & Ardlie, K. (2012). The discovery of single-nucleotide polymorphisms and inferences about human demographic history. American Journal of Human Genetics, 69(6), 1332–1347. link ↗
- Biswas, S., & Akey, J. M. (2006). Genome-wide scan for selection on derived alleles. Evolutionary Biology, 36(1), 64–79. link ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Hudson-Kreitman-Aguade Test for Detecting Selection. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/genetics/hka-test
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