ChIP-seq पीक कॉलिंग — क्रोमेटिन इम्यूनोप्रेसीपिटेशन सीक्वेन्सिंग पीक कॉलिंग
ChIP-seq पीक कॉलिंग एक कम्प्यूटेशनल पाइपलाइन है जो उन जीनोमिक क्षेत्रों की पहचान करती है जहाँ रुचि का प्रोटीन — एक ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर या हिस्टोन संशोधन — क्रोमेटिन इम्यूनोप्रेसीपिटेशन प्रयोगों से सीक्वेन्सिंग रीड्स के आधार पर समृद्ध होता है। यह कच्चे सीक्वेन्सिंग डेटा को पूरे जीनोम में उच्च-आत्मविश्वास वाले बाइंडिंग या संशोधन साइटों के एक सेट में परिवर्तित करता है, जिससे जीन विनियमन, क्रोमेटिन स्थिति और एपिजेनेटिक तंत्र के डाउनस्ट्रीम विश्लेषण को सक्षम किया जा सके।
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स्रोत
- Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
- Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/hi/bioinformatics/chip-seq-peak-calling
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