Network-based pathway enrichment analysis
Network-based pathway enrichment analysis integrates molecular interaction networks — protein-protein interactions, signalling graphs, or gene regulatory networks — with omics measurements to identify biological pathways that are coordinately altered in a condition. Unlike classical over-representation or gene-set enrichment approaches that treat pathway genes as independent lists, this family of methods propagates signals across network edges, capturing the topology of interactions and uncovering dysregulated modules that flat-list enrichment would miss.
Dossier source
Citations copiées telles quelles du dossier source de la méthode. Aucune vérification au niveau de la revendication n'en est déduite.
- Ideker, T., Ozier, O., Schwikowski, B., & Siegel, A. F. (2002). Discovering regulatory and signalling circuits in molecular interaction networks. Bioinformatics, 18(suppl_1), S233–S240. · URL
- Vaske, C. J., Benz, S. C., Sanborn, J. Z., Earl, D., Szeto, C., Zhu, J., Haussler, D., & Stuart, J. M. (2010). Inference of patient-specific pathway activities from multi-dimensional cancer genomics data using PARADIGM. Bioinformatics, 26(12), i237–i245. · DOI 10.1093/bioinformatics/btq182
Revendications organisées
Revendications enregistrées dans le registre de preuves, chacune avec sa propre évaluation.
Cette vue n'invente pas d'évaluation de revendication lorsque le registre n'en contient aucune.
Méthodes apparentées
Généré à partir du graphe de méthodes et présenté comme des relations suggérées par la machine — aucune revendication de preuve n'est déduite.