Genómica de Patógenos Antiguos
La genómica de patógenos antiguos recupera los genomas de microbios de restos esqueléticos y otros, revelando la identidad, antigüedad y evolución de epidemias pasadas como la peste, la tuberculosis y la lepra.
Definition
La recuperación y el análisis de genomas de patógenos a partir de restos arqueológicos, utilizados para identificar infecciones pasadas, datar su aparición y reconstruir la historia evolutiva y la propagación de enfermedades infecciosas.
Scope
Este tema abarca la detección y reconstrucción de genomas de patógenos a partir de restos humanos arqueológicos: el enriquecimiento y la secuenciación del ADN microbiano, la confirmación de diagnósticos sospechados a partir de lesiones óseas, la datación de la aparición de enfermedades y la reconstrucción de la filogenia y la propagación de patógenos como Yersinia pestis. Conecta la paleopatología, la arqueogenética y la historia de las enfermedades infecciosas.
Core questions
- ¿Cómo se detectan y reconstruyen los genomas de patógenos a partir de restos antiguos?
- ¿Cómo confirma o revisa la evidencia genómica los diagnósticos paleopatológicos?
- ¿Cuándo surgieron los principales patógenos humanos y cómo se propagaron?
- ¿Qué revela la evolución de los patógenos antiguos sobre la virulencia y la adaptación del huésped?
Key theories
- Confirmación genómica de epidemias históricas
- La reconstrucción de genomas de patógenos a partir de víctimas —como Yersinia pestis de entierros de la Peste Negra— proporciona una confirmación molecular directa del agente causal de epidemias pasadas y ancla su filogenia.
- Filogenética de enfermedades a largo plazo
- Uso de genomas antiguos datados como puntos de calibración para reconstruir cuándo surgieron, se diversificaron y se propagaron los patógenos, refinando los relojes moleculares y la historia evolutiva de las enfermedades infecciosas.
History
La detección molecular temprana de patógenos como la tuberculosis utilizaba PCR dirigida, pero el campo se transformó con el trabajo a escala genómica a partir de 2011, comenzando con la reconstrucción de un genoma de la peste de la Peste Negra. Estudios posteriores reconstruyeron genomas antiguos de peste, lepra, tuberculosis y otros patógenos, como revisaron Spyrou y sus colegas.
Debates
- Fiabilidad e interpretación de las identificaciones de patógenos antiguos
- Cómo protegerse contra la detección de patógenos falsos positivos de microbios ambientales, y cómo interpretar la ausencia de ADN de patógenos esperado, dada la preservación desigual y los límites del cribado metagenómico.
Key figures
- Kirsten I. Bos
- Maria A. Spyrou
- Johannes Krause
- Christina Warinner
Related topics
Seminal works
- bosetal2011
- spyrouetal2019
- orlandoetal2021
Frequently asked questions
- ¿Cómo se puede secuenciar un microbio de hace siglos?
- El ADN patógeno puede sobrevivir en los dientes y huesos de individuos infectados, y al enriquecer y secuenciar este material, los investigadores pueden reconstruir genomas microbianos, como se hizo con la bacteria de la peste de la Peste Negra.
- ¿Qué aporta el ADN de patógenos antiguos a la paleopatología?
- Puede confirmar qué microbio causó las lesiones observadas en el hueso, detectar infecciones que no dejan rastro esquelético y revelar cómo evolucionaron y se propagaron las enfermedades a lo largo del tiempo.