Detekce variant v jednotlivých buňkách — detekce mutací na buněčné úrovni
Detekce variant v jednotlivých buňkách (single-cell variant calling) je bioinformatická pipeline, která identifikuje varianty DNA sekvence — jednonukleotidové varianty (SNV), malé inzerce a delece a změny počtu kopií — v rámci jednotlivých buněk, nikoli v rámci směsi tkání. Rozlišením mutační krajiny buňku po buňce odhaluje intratumorální heterogenitu, klonální architekturu a vzorce somatických mutací, které hromadné sekvenování (bulk sequencing) zakrývá. Tento přístup je ústřední pro genomiku rakoviny, vývojovou biologii a jakoukoli studii, kde je primární otázkou genetická diverzita mezi buňkami.
Přečíst celou metodu
Pro přečtení této sekce se přihlaste s bezplatným účtem.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Zdroje
- Zafar, H., Wang, Y., Nakhleh, L., Navin, N., & Chen, K. (2016). Monovar: single-nucleotide variant detection in single cells. Nature Methods, 13(6), 505–507. DOI: 10.1038/nmeth.3835 ↗
- Singer, J., Ruscheweyh, H. J., Doherr, M. G., Stadler, T., & Althaus, C. L. (2021). Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with piccolo. BMC Bioinformatics, 22(1), 333. link ↗
Jak citovat tuto stránku
ScholarGate. (2026, June 3). Single-Cell Genomic Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/cs/bioinformatics/single-cell-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Analýza variací počtu kopiíBioinformatika↔ compare
Odkazuje sem
Našli jste na této stránce chybu? Nahlaste ji nebo navrhněte opravu →