Metagenomické třídění
Metagenomické třídění (metagenomic binning) rozděluje sestavené kontigy z komplexních mikrobiálních komunit do odlišných genomových košů (genome bins), z nichž každý reprezentuje jednotlivý organismus nebo kmen. Tato metoda, jejíž průkopníky byli Banfield a jeho kolegové, izoluje genomy jednotlivých organismů (metagenomem sestavené genomy, MAGs) z environmentálních vzorků bez nutnosti kultivace.
Přečíst celou metodu
Pro přečtení této sekce se přihlaste s bezplatným účtem.
Mapa metod
Okolí příbuzných metod — vyberte uzel, který chcete prozkoumat.
Zdroje
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Jak citovat tuto stránku
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/cs/bioinformatics/metagenomic-binning
Která metoda?
Postavte tuto metodu vedle jejích nejbližších příbuzných a čtěte je vedle sebe — knihovna položí knihy na stůl; volba je na vás.
- Analýza CRISPR screeningůBioinformatika↔ porovnat
- De novo sestavení transkriptomuBioinformatika↔ porovnat
- Vyhledávání profilů HMMERBioinformatika↔ porovnat
Odkazuje sem
Našli jste na této stránce chybu? Nahlaste ji nebo navrhněte opravu →