De novo sestavení transkriptomu
De novo sestavení transkriptomu rekonstruuje celodélkové sekvence messenger RNA prímo ze sekvenovacích ctení bez nutnosti referencního genomu. Tato pipeline, jejíž prúkopníky byli Regev, Haas a kolektiv, umoznuje objevování transkriptu u nemodelových organismu a detekci nových izoforem, fúzních genu a alternativne sestrihaných variant.
Přečíst celou metodu
Pro přečtení této sekce se přihlaste s bezplatným účtem.
Mapa metod
Okolí příbuzných metod — vyberte uzel, který chcete prozkoumat.
Zdroje
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Jak citovat tuto stránku
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/cs/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Která metoda?
Postavte tuto metodu vedle jejích nejbližších příbuzných a čtěte je vedle sebe — knihovna položí knihy na stůl; volba je na vás.
- Analýza CRISPR screeningůBioinformatika↔ porovnat
- Vyhledávání profilů HMMERBioinformatika↔ porovnat
- Metagenomické tříděníBioinformatika↔ porovnat
Odkazuje sem
Našli jste na této stránce chybu? Nahlaste ji nebo navrhněte opravu →