নেটওয়ার্ক-ভিত্তিক ভ্যারিয়েন্ট কলিং — গ্রাফ-জিনোম জিনোটাইপিং
নেটওয়ার্ক-ভিত্তিক (গ্রাফ-জিনোম) ভ্যারিয়েন্ট কলিং প্রচলিত একক রৈখিক রেফারেন্স জিনোমের পরিবর্তে একটি ভ্যারিয়েশন গ্রাফ ব্যবহার করে — এটি একটি নেটওয়ার্ক যেখানে নোডগুলি সিকোয়েন্স সেগমেন্টকে প্রতিনিধিত্ব করে এবং এজগুলি জিনোমের মধ্য দিয়ে পরিচিত বিকল্প পথগুলিকে প্রতিনিধিত্ব করে। রিডগুলি এই গ্রাফে ম্যাপ করা হয়, যা রৈখিক-রেফারেন্স পাইপলাইনের তুলনায় উল্লেখযোগ্যভাবে কম রেফারেন্স বায়াস সহ SNPs, indels এবং স্ট্রাকচারাল ভ্যারিয়েন্ট সনাক্তকরণ সক্ষম করে। প্রধান সরঞ্জামগুলির মধ্যে রয়েছে ভ্যারিয়েশন গ্রাফ টুলকিট (vg) এবং গ্রাফটাইপার।
পুরো পদ্ধতিটি পড়ুন
এই অংশটি পড়তে বিনামূল্যের অ্যাকাউন্ট দিয়ে সাইন ইন করুন।
পদ্ধতি-মানচিত্র
সম্পর্কিত পদ্ধতিসমূহের প্রতিবেশ — অন্বেষণ করতে একটি নোড নির্বাচন করুন।
উৎস
- Garrison, E., Sirén, J., Novak, A. M., Hickey, G., Eizenga, J. M., Dawson, E. T., Jones, W., Garg, S., Markello, C., Lin, M. F., Paten, B., & Durbin, R. (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, 36(9), 875–879. DOI: 10.1038/nbt.4227 ↗
- Eggertsson, H. P., Jonsson, H., Kristmundsdottir, S., Hjartarson, E., Kehr, B., Masson, G., Zink, F., Hjorleifsson, K. E., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Melsted, P., Stefansson, K., & Halldorsson, B. V. (2017). Graphtyper enables population-scale genotyping using pangenome graphs. Nature Genetics, 49(11), 1654–1660. DOI: 10.1038/ng.3964 ↗
এই পৃষ্ঠা কীভাবে উদ্ধৃত করবেন
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based (Graph-genome) Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/bn/bioinformatics/network-based-variant-calling
কোন পদ্ধতি?
এই পদ্ধতিটিকে তার নিকটতম সমগোত্রীয়দের পাশে রাখুন এবং পাশাপাশি পড়ুন — গ্রন্থাগার বইগুলি টেবিলে সাজিয়ে দেয়; নির্বাচন আপনার।
- বেইসিয়ান ভ্যারিয়েন্ট কলিংজৈব তথ্যবিজ্ঞান↔ তুলনা করুন
- কপি নম্বর ভ্যারিয়েশন (CNV) বিশ্লেষণজৈব তথ্যবিজ্ঞান↔ তুলনা করুন
- জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডি (GWAS)জৈব তথ্যবিজ্ঞান↔ তুলনা করুন
- RNA-seq ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশনজৈব তথ্যবিজ্ঞান↔ তুলনা করুন
- সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্টজৈব তথ্যবিজ্ঞান↔ তুলনা করুন
- ভেরিয়েন্ট কলিংজৈব তথ্যবিজ্ঞান↔ তুলনা করুন
এই পৃষ্ঠায় কোনো ত্রুটি চোখে পড়েছে? জানান বা সংশোধনের প্রস্তাব দিন →