ডিফারেনশিয়াল ভ্যারিয়েন্ট কলিং — তুলনামূলক সোমাটিক ভ্যারিয়েন্ট সনাক্তকরণ
ডিফারেনশিয়াল ভ্যারিয়েন্ট কলিং একটি বায়োইনফরমেটিক্স পাইপলাইন যা জেনেটিক ভ্যারিয়েন্ট — সিঙ্গেল নিউক্লিওটাইড ভ্যারিয়েন্ট (SNVs), ছোট ইনসারশন/ডিলিশন (indels), এবং স্ট্রাকচারাল ভ্যারিয়েন্ট — সনাক্ত করে যা একটি জৈবিক নমুনায় বা অবস্থায় উপস্থিত থাকে কিন্তু একটি যুগল রেফারেন্স নমুনায় অনুপস্থিত (বা উল্লেখযোগ্যভাবে সমৃদ্ধ) থাকে। এর প্রধান ব্যবহার হলো টিউমার-বনাম-নরমাল ক্যান্সার জিনোমিক্স, যেখানে সোমাটিক মিউটেশন যা টিউমারের জন্য অনন্য, তা জার্মলাইন ভ্যারিয়েন্ট থেকে আলাদা করা হয় যা নরমাল টিস্যুর সাথে ভাগ করা হয়। একই যুক্তি কোষ রেখার (cell lines) চিকিৎসিত বনাম অচিকিৎসিত, বিবর্তিত বনাম পূর্বপুরুষের স্ট্রেইন, অথবা জনসংখ্যা জিনোমিক্সে কেস বনাম কন্ট্রোল কোহর্টের (cohorts) তুলনা করার ক্ষেত্রেও প্রযোজ্য।
পুরো পদ্ধতিটি পড়ুন
এই অংশটি পড়তে বিনামূল্যের অ্যাকাউন্ট দিয়ে সাইন ইন করুন।
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
উৎস
- Koboldt, D.C., Zhang, Q., Larson, D.E., Shen, D., McLellan, M.D., Lin, L., Miller, C.A., Mardis, E.R., Ding, L., & Wilson, R.K. (2012). VarScan 2: somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencing. Genome Research, 22(3), 568–576. DOI: 10.1101/gr.129684.111 ↗
- Cibulskis, K., Lawrence, M.S., Carter, S.L., Sivachenko, A., Jaffe, D., Sougnez, C., Gabriel, S., Meyerson, M., Lander, E.S., & Getz, G. (2013). Sensitive detection of somatic point mutations in impure and heterogeneous cancer samples. Nature Biotechnology, 31(3), 213–219. DOI: 10.1038/nbt.2514 ↗
এই পৃষ্ঠা কীভাবে উদ্ধৃত করবেন
ScholarGate. (2026, June 3). Differential Variant Calling in Genomics. ScholarGate. https://scholargate.app/bn/bioinformatics/differential-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- কপি নম্বর ভ্যারিয়েশন (CNV) বিশ্লেষণজৈব তথ্যবিজ্ঞান↔ compare
- RNA-seq ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশনজৈব তথ্যবিজ্ঞান↔ compare
এই পৃষ্ঠায় কোনো ত্রুটি চোখে পড়েছে? জানান বা সংশোধনের প্রস্তাব দিন →