Single-cell sequence alignment
Single-cell sequence alignment is the computational step that maps millions of short sequencing reads produced by single-cell RNA-seq experiments back to a reference genome or transcriptome. Unlike bulk RNA-seq alignment, each read carries a cell barcode and a Unique Molecular Identifier (UMI) that together identify the originating cell and the individual RNA molecule. Accurate alignment and barcode demultiplexing are prerequisites for constructing the cell-by-gene count matrix that drives all downstream single-cell analyses.
Înregistrare sursă
Citările sunt copiate integral din înregistrarea sursă a metodei. Nu se inferă nicio verificare la nivel de afirmație din acestea.
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. · DOI 10.1093/bioinformatics/bts635
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. · DOI 10.1101/gr.209601.116
Afirmații curate
Afirmațiile sunt stocate în registrul dovezilor, fiecare cu propria evaluare.
Această vizualizare nu inventează o evaluare a afirmației dacă registrul nu conține una.
Metode conexe
Generate din graful metodelor și afișate ca relații sugerate automat — nu se inferă nicio afirmație de dovadă.