ScholarGate
Assistent
Process / pipelineBioinformatics / omics

Tijdreeks-variantdetectie — Longitudinale Somatische Mutatiedetectie

Tijdreeks-variantdetectie is een bio-informatica pipeline die genomische varianten — doorgaans somatische mutaties — identificeert en volgt in meerdere sequentiebepalingsmonsters die van hetzelfde individu op verschillende tijdstippen zijn verzameld. Het wordt het meest toegepast in de kankergenomica om tumorevolutie te reconstrueren, minimale residuele ziekte te monitoren en de opkomst van therapieresistente klonen te detecteren. Door variant-allelfrequenties gezamenlijk te modelleren over de temporele dimensie, onderscheidt de methode ware somatische veranderingen van sequentiebepalingsruis en schat het de klonale dynamiek over tijd.

Openen in MethodMindBinnenkortVideoBinnenkortDia's downloaden

Lees de volledige methode

Alleen voor leden

Log in met een gratis account om dit onderdeel te lezen.

Inloggen

Methodenkaart

De omgeving van verwante methoden — selecteer een knooppunt om te verkennen.

Tijdreeks-variantdetectie
RNA-seq Differentiele Ex…

Bronnen

  1. Nik-Zainal, S., et al. (2012). The life history of 21 breast cancers. Cell, 149(5), 994–1007. link
  2. McMahon, M., et al. (2021). Benchmarking algorithms for clonal evolution analysis using multi-region and longitudinal tumour sequencing data. Briefings in Bioinformatics, 22(3), bbaa163. link

Deze pagina citeren

ScholarGate. (2026, June 3). Time-series Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/nl/bioinformatics/time-series-variant-calling

Welke methode?

Plaats deze methode naast haar naaste verwanten en lees ze naast elkaar — de bibliotheek legt de boeken op tafel; de keuze is aan u.

Naast elkaar vergelijken
ScholarGateTime-series variant calling (Time-series Variant Calling). Geraadpleegd op 2026-06-15 via https://scholargate.app/nl/bioinformatics/time-series-variant-calling · Gegevensset: https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026