קריאת וריאנטים בסדרות עתיות — זיהוי מוטציות סומטיות אורכיות
קריאת וריאנטים בסדרות עתיות (Time-series variant calling) היא צינור עיבוד ביו-אינפורמטי (pipeline) המזהה ועוקב אחר וריאנטים גנומיים — בדרך כלל מוטציות סומטיות — על פני מספר דגימות ריצוף שנאספו מאותו נבדק בנקודות זמן שונות. השיטה מיושמת באופן הנרחב ביותר בגנומיקה של הסרטן לשחזור התפתחות הגידול, ניטור מחלה מינימלית שיורית, וזיהוי הופעתם של שיבוטים (clones) העמידים לטיפול. על ידי מידול משותף של תדירויות אלל (allele frequencies) של וריאנטים לאורך הממד הזמני, השיטה מבחינה בין שינויים סומטיים אמיתיים לבין רעשי ריצוף, ומעריכה את הדינמיקה השיבוטית לאורך זמן.
Nik-Zainal, S., et al. (2012). The life history of 21 breast cancers. Cell, 149(5), 994–1007. link ↗
McMahon, M., et al. (2021). Benchmarking algorithms for clonal evolution analysis using multi-region and longitudinal tumour sequencing data. Briefings in Bioinformatics, 22(3), bbaa163. link ↗
איך לצטט עמוד זה
ScholarGate. (2026, June 3). Time-series Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/he/bioinformatics/time-series-variant-calling