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HMMER Profile Search/Preuve
Dossier de preuve de méthode

HMMER Profile Search

HMMER profile search identifies distant protein sequence homologs using probabilistic models of protein families, known as profile Hidden Markov Models (HMMs). Developed by Eddy and colleagues, this method captures sequence variation patterns within protein families and detects homologs with far greater sensitivity than position-weight matrices or pairwise alignment.

Sources recorded, not reviewed

Dossier source

Citations copiées telles quelles du dossier source de la méthode. Aucune vérification au niveau de la revendication n'en est déduite.

Hidden Markov Model Profile Search for Sequence Homology
Dossier de méthode taxonomique · process-pipeline / bioinformatics
  • Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531. · DOI 10.1006/jmbi.1994.1104
  • Eddy, S. R. (1998). Profile hidden Markov models. Bioinformatics, 14(9), 755-763. · DOI 10.1093/bioinformatics/14.9.755
  • Finn, R. D., Clements, J., & Eddy, S. R. (2011). HMMER web server: interactive sequence similarity searching. Nucleic Acids Research, 39(Web Server issue), W29-W37. · DOI 10.1093/nar/gkr367
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Revendications organisées

Revendications enregistrées dans le registre de preuves, chacune avec sa propre évaluation.

Pas encore de revendications organisées

Cette vue n'invente pas d'évaluation de revendication lorsque le registre n'en contient aucune.

Méthodes apparentées

Généré à partir du graphe de méthodes et présenté comme des relations suggérées par la machine — aucune revendication de preuve n'est déduite.

Same method familyCryo-EM Reconstructionmachine-suggested · Relational suggestion, not evidence.Same method familyMetagenomic Binningmachine-suggested · Relational suggestion, not evidence.Same method familyMolecular Dockingmachine-suggested · Relational suggestion, not evidence.

Statut de la preuve

Sources recorded, not reviewed

Bibliographic sources are present. Claim-level evidence review has not been performed.

Sources

3 citations enregistrées, copiées du dossier source de la méthode.

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