Single-cell Sequence Alignment — scRNA-seq Read Mapping
Single-cell sequence alignment on ühendusastme arvutuslik etapp, mis seob miljonid lühikesed järjestusfragmendid, mida toodavad üksikrakkude RNA-seq eksperimendid, referentsgenoomi või -transkriptoomi külge. Erinevalt hulgi-RNA-seq järjestusest kannab iga fragment raku barokoodi ja unikaalset molekulaarset identifikaatorit (UMI), mis koos tuvastavad päritolu raku ja üksiku RNA molekuli. Täpne järjestus ja barokoodi demultipleksimine on eeltingimused rakugene loendusmaatriksi koostamiseks, mis juhib kõiki üksikrakkude analüüsi järgmisi etappe.
Loe meetodi täielikku kirjeldust
Selle osa lugemiseks logi sisse tasuta kontoga.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Allikad
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Kuidas sellele lehele viidata
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/et/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- RNA-seq diferentsiaalne ekspressioonBioinformaatika↔ compare
Sellele viitavad
Märkasid sellel lehel viga? Teata sellest või paku parandust →