Process / pipelineTranscriptomics

De-novo-Transkriptom-Assemblierung

Die De-novo-Transkriptom-Assemblierung rekonstruiert vollständige Messenger-RNA-Sequenzen direkt aus Sequenzierungsreads, ohne dass ein Referenzgenom erforderlich ist. Diese Pipeline, die von Regev, Haas und Kollegen entwickelt wurde, ermöglicht die Entdeckung von Transkripten bei Nicht-Modellorganismen und den Nachweis neuartiger Isoformen, Fusionsgene und Spleißvarianten.

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Quellen

Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗

So zitieren Sie diese Seite

ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly

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