ছত্রাক এবং পরজীবী আণবিক রোগ নির্ণয়

ছত্রাক এবং পরজীবী আণবিক রোগ নির্ণয় নিউক্লিক অ্যাসিড-ভিত্তিক পদ্ধতি প্রয়োগ করে ছত্রাক ও পরজীবী শনাক্ত করে, যা প্রায়শই ধীরগতিতে বৃদ্ধি পায়, কালচার করা কঠিন বা অণুবীক্ষণ যন্ত্রের মাধ্যমে চেনা কঠিন। সিকোয়েন্স মার্কার এবং অ্যামপ্লিফিকেশন অ্যাসেসগুলি ডায়াগনস্টিক পরিসরকে প্রসারিত করে যেখানে প্রচলিত পদ্ধতিগুলি সীমিত।

Definition

ছত্রাক এবং পরজীবী আণবিক রোগ নির্ণয় হল আণবিক পদ্ধতি — মার্কার অঞ্চলের অ্যামপ্লিফিকেশন, হাইব্রিডাইজেশন এবং সিকোয়েন্সিং — ব্যবহার করে ক্লিনিকাল নমুনা বা আইসোলেটগুলিতে ছত্রাক ও পরজীবী সনাক্তকরণ।

Scope

এই বিষয়টি ছত্রাকের ডিএনএ বারকোডিং (বিশেষত ইন্টারনাল ট্রান্সক্রাইবড স্পেসার অঞ্চল), ছত্রাক ও পরজীবী প্যাথোজেনগুলির PCR-ভিত্তিক সনাক্তকরণ এবং কালচার ও মাইক্রোস্কোপির তুলনায় এই পদ্ধতিগুলির শক্তি ও সীমাবদ্ধতা নিয়ে আলোচনা করে। এটি চিকিৎসা বা ডোজ নির্দেশিকা ছাড়াই একটি পরীক্ষাগার এবং রেফারেন্স বিষয় হিসাবে বিবেচিত।

Core questions

• কোন ছত্রাক বা পরজীবী জীব উপস্থিত, এবং কোন মার্কার অঞ্চল এটিকে সবচেয়ে ভালোভাবে শনাক্ত করে?
• সংবেদনশীলতা এবং নির্দিষ্টতার ক্ষেত্রে আণবিক পদ্ধতিগুলি মাইক্রোস্কোপি এবং কালচারের সাথে কীভাবে তুলনা করা যায়?
• কখন কালচার-স্বাধীন আণবিক অ্যাসেসগুলি ডায়াগনস্টিক মূল্য যোগ করে?

Key concepts

• ছত্রাকের বারকোড মার্কার হিসাবে ITS অঞ্চল
• PCR-ভিত্তিক প্যাথোজেন সনাক্তকরণ
• DNA প্রোব
• মাল্টিপ্লেক্স আণবিক প্যানেল
• কালচার-স্বাধীন রোগ নির্ণয়
• মার্কার নির্বাচন এবং রেফারেন্স ডেটাবেস

Mechanisms

ছত্রাকের জন্য, নিউক্লিয়ার রাইবোসোমাল ইন্টারনাল ট্রান্সক্রাইবড স্পেসার (ITS) অঞ্চলটি একটি ব্যাপকভাবে গৃহীত সার্বজনীন বারকোড হিসাবে কাজ করে, যা সিকোয়েন্স করা হলে এবং রেফারেন্স ডেটাবেসের সাথে মেলানো হলে বেশিরভাগ ছত্রাককে গণ বা প্রজাতি স্তরে শনাক্ত করে (Schoch et al., 2012)। PCR-ভিত্তিক অ্যাসেসগুলি ক্লিনিকাল উপাদানে সরাসরি ছত্রাক সনাক্ত করতে জীব-নির্দিষ্ট লক্ষ্যগুলিকে প্রসারিত করে, যা আক্রমণাত্মক রোগের জন্য মূল্যবান হতে পারে যেখানে কালচার ধীর বা অসংবেদনশীল, যদিও তাদের ক্লিনিকাল প্রস্তুতি সেটিং অনুসারে পরিবর্তিত হয় (Nguyen & Clancy, 2018)। পরজীবীর জন্য, DNA প্রোব এবং PCR কিছু প্রচলিত পদ্ধতির চেয়ে বেশি সংবেদনশীল বিকল্প হিসাবে প্রথম দিকে প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল (Weiss, 1995), এবং PCR-ভিত্তিক ও মাল্টিপ্লেক্স অ্যাসেসগুলি এখন ক্লিনিকাল ল্যাবরেটরিতে অন্ত্রের এবং অন্যান্য পরজীবী সনাক্তকরণ ও পার্থক্য করতে প্রয়োগ করা হয় (Verweij & Stensvold, 2014)।

Clinical relevance

আণবিক ছত্রাক এবং পরজীবী ডায়াগনস্টিকস বর্ণনা করে যে কীভাবে ল্যাবরেটরিগুলি এমন জীব সনাক্ত করে যা কালচার এবং মাইক্রোস্কোপি দ্বারা বাদ পড়তে পারে, যা ডায়াগনস্টিক রিপোর্টিং এবং নজরদারিকে অবহিত করে। এই বিষয়টি ব্যাখ্যা করে যে এই প্রমাণগুলি কীভাবে তৈরি হয় এবং এটি ব্যক্তিগত ডায়াগনস্টিক বা চিকিৎসার সিদ্ধান্তের ভিত্তি নয়।

Epidemiology

আণবিক সনাক্তকরণ ছত্রাক এবং পরজীবী সংক্রমণের স্বীকৃতি ও পার্থক্য উন্নত করেছে, বিশেষ করে এমন জীবের জন্য যা কালচার করা কঠিন বা রূপগতভাবে পার্থক্য করা কঠিন, যা তাদের ঘটনার আরও সঠিক জনসংখ্যা-স্তরের মূল্যায়নে সহায়তা করে (Verweij & Stensvold, 2014; Weiss, 1995)।

Evidence & guidelines

মার্কার-ভিত্তিক ছত্রাক সনাক্তকরণ ITS অঞ্চলকে একটি সার্বজনীন বারকোড হিসাবে প্রতিষ্ঠিত করার জন্য কনসোর্টিয়াম কাজের উপর নির্ভর করে (Schoch et al., 2012), যখন পর্যালোচনাগুলি PCR-ভিত্তিক ছত্রাক এবং পরজীবী অ্যাসেসগুলির ক্লিনিকাল কার্যকারিতা এবং সীমাবদ্ধতাগুলি সংক্ষিপ্ত করে (Nguyen & Clancy, 2018; Verweij & Stensvold, 2014)। অ্যাসেস-নির্দিষ্ট মানগুলি পেশাদার সংস্থা এবং নির্মাতাদের দ্বারা নির্ধারিত হয় এবং এখানে পুনরুত্পাদন করা হয় না।

History

আণবিক পদ্ধতিগুলি মাইকোলজি এবং প্যারাসাইটোলজিতে প্রবেশ করে যখন PCR এবং প্রোব-ভিত্তিক সনাক্তকরণ কিছু ঐতিহ্যবাহী কৌশলের চেয়ে বেশি সংবেদনশীলতা প্রদর্শন করে (Weiss, 1995)। একটি সার্বজনীন ছত্রাক বারকোড হিসাবে ITS অঞ্চলের আনুষ্ঠানিক গ্রহণ আণবিক ছত্রাক সনাক্তকরণকে মানসম্মত করে তোলে (Schoch et al., 2012), এবং PCR-ভিত্তিক প্যারাসাইটোলজি অ্যাসেসগুলি ধীরে ধীরে রুটিন ক্লিনিকাল ল্যাবরেটরিতে স্থানান্তরিত হয় (Verweij & Stensvold, 2014)।

Debates

আণবিক ছত্রাক অ্যাসেসগুলি কি প্রচলিত রোগ নির্ণয়ের প্রতিস্থাপন করতে প্রস্তুত?

PCR-ভিত্তিক ছত্রাক অ্যাসেসগুলি আক্রমণাত্মক রোগের জন্য সংবেদনশীলতা এবং গতি যোগ করতে পারে, তবে মানককরণ এবং ক্লিনিকাল বৈধতার পরিবর্তনশীলতার অর্থ হল এগুলি প্রায়শই কালচার এবং অ্যান্টিজেন পরীক্ষার পরিপূরক হিসাবে ব্যবহৃত হয়, প্রতিস্থাপন হিসাবে নয়।

Seminal works

• schoch-2012
• weiss-1995
• verweij-2014

Frequently asked questions

কেন ITS অঞ্চল ছত্রাক সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়?

ইন্টারনাল ট্রান্সক্রাইবড স্পেসার অঞ্চলটি ছত্রাক জুড়ে প্রসারিত হওয়ার জন্য পর্যাপ্ত সংরক্ষণ এবং অনেক প্রজাতিকে পার্থক্য করার জন্য পর্যাপ্ত পরিবর্তনশীলতাকে একত্রিত করে, যা এটিকে একটি সার্বজনীন ছত্রাক ডিএনএ বারকোড হিসাবে গ্রহণ করতে পরিচালিত করে।

আণবিক পদ্ধতিগুলি কি পরজীবীর জন্য মাইক্রোস্কোপি এবং কালচারকে প্রতিস্থাপন করে?

আণবিক পদ্ধতিগুলি প্রায়শই সংবেদনশীলতা এবং প্রজাতিগুলিকে পার্থক্য করার ক্ষমতা যোগ করে, তবে জীব এবং ক্লিনিকাল প্রেক্ষাপটের উপর নির্ভর করে এগুলি সাধারণত মাইক্রোস্কোপি এবং অন্যান্য পদ্ধতির পাশাপাশি ব্যবহৃত হয়, সম্পূর্ণ প্রতিস্থাপন হিসাবে নয়।