مصطلحات الشجرة وتجذيرها
تتطلب قراءة الشجرة التطورية إتقانًا لأجزائها، العقد، الفروع، الأطراف، والفروع الحيوية، وفهمًا لكيفية إعطاء التجذير للشجرة اتجاهًا زمنيًا.
Definition
الشجرة التطورية هي رسم بياني متفرع يمثل العلاقات التطورية المستنتجة؛ التجذير هو وضع قاعدة الشجرة التي تحدد اتجاه الانحدار من الأسلاف إلى الأحفاد.
Scope
يغطي هذا الموضوع تشريح الأشجار التطورية (العقد الطرفية والداخلية، الفروع، الجذر، المجموعة الداخلية، والمجموعات الشقيقة)، والفرق بين الأشجار المجذرة وغير المجذرة، وطرق التجذير مثل التجذير بالمجموعة الخارجية والتجذير بنقطة المنتصف، وتفسير الطوبولوجيا مقابل طول الفرع.
Core questions
- ما هي المكونات الهيكلية للشجرة التطورية؟
- كيف تختلف الشجرة المجذرة عن الشجرة غير المجذرة؟
- ما هي الطرق المستخدمة لتجذير الشجرة، وماذا تفترض هذه الطرق؟
- ما هي المعلومات التي تحملها الطوبولوجيا مقابل طول الفرع؟
Key theories
- التجذير يحدد القطبية
- معظم طرق بناء الأشجار تنتج شبكات غير مجذرة؛ وضع الجذر، عادةً عن طريق مجموعة خارجية، يوجه الشجرة في الزمن ويحول العلاقات الثنائية إلى بيانات سلف-نسل.
- الطوبولوجيا مقابل طول الفرع
- يرمز ترتيب التفرع (الطوبولوجيا) إلى العلاقات، بينما يمكن أن ترمز أطوال الفروع إلى كميات التغيير أو الوقت المنقضي اعتمادًا على الطريقة، ويجب عدم الخلط بين الاثنين عند قراءة الشجرة.
Clinical relevance
تعد القراءة والتجذير الصحيحان للأشجار ضروريين عند تفسير أشجار انتقال مسببات الأمراض، وتحديد تواريخ تفشي الأوبئة، وتحديد أقرب الأقارب للكائنات الحية ذات الأهمية الطبية أو الزراعية.
History
مع نضوج علم الوراثة العرقي الحسابي، أصبح من الضروري وجود مفردات دقيقة ومشتركة لأجزاء الشجرة ومعالجة واضحة للتجذير؛ ولا يزال التجذير بالمجموعة الخارجية، الذي تم إضفاء الطابع الرسمي عليه ضمن الإطار التصنيفي، هو النهج القياسي لتوجيه الأشجار.
Debates
- اختيار طريقة التجذير
- يعتمد التجذير بالمجموعة الخارجية على اختيار مجموعة خارجية مناسبة وليست بعيدة جدًا، بينما يفترض التجذير بنقطة المنتصف والتجذير بالساعة الجزيئية ثبات المعدل؛ ويعتمد الخيار الأفضل على البيانات ويكون محل نزاع في بعض الأحيان.
Key figures
- Willi Hennig
- Joseph Felsenstein
Related topics
Seminal works
- hennig1966
- wiley2011
- felsenstein2004
Frequently asked questions
- لماذا تنتج العديد من طرق علم الوراثة العرقي أشجارًا غير مجذرة؟
- تقدر طرق المسافة والاحتمالية القياسية العلاقات بشكل متماثل ولا يمكنها بمفردها تحديد أي سلالة هي الأقدم، لذلك هناك حاجة إلى معيار خارجي مثل مجموعة خارجية لتجذير الشجرة.
- هل تعني الفروع الأطول دائمًا وقتًا أطول؟
- ليس بالضرورة؛ قد يمثل طول الفرع مقدار التغير في الصفات بدلاً من الوقت المنقضي ما لم يتم إنتاج الشجرة ضمن نموذج ساعة أو نموذج معاير زمنيًا.