Metodebevisregistrering
De Novo Transcriptome Assembly
De novo transcriptome assembly reconstructs full-length messenger RNA sequences directly from sequencing reads without requiring a reference genome. Pioneered by Regev, Haas, and colleagues, this pipeline enables transcript discovery in non-model organisms and detection of novel isoforms, fusion genes, and splice variants.
Kilderegistrering
Citater kopieret ordret fra metodens kilderegistrering. Ingen påstandsniveauverifikation er udledt heraf.
De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly
Taksonomisk metoderegistrering · process-pipeline / bioinformatics
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. · DOI 10.1038/nbt.1883
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. · DOI 10.1038/nprot.2013.084
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. · URL
Kuraterede påstande
Påstande gemt i bevis-loggen, hver med sin egen vurdering.
Ingen kuraterede påstande endnu
Denne visning opfinder ikke en påstandsvurdering, når loggen ingen har.
Relaterede metoder
Genereret fra metodegrafen og vist som maskinelt foreslåede relationer — ingen bevispåstand er udledt.